Mohelka pramení na jižním svahu Ještědského hřbetu pod Černou Studnicí. Teče nejprve západním směrem, u Libíče se stáčí k jihu. U Mohelnice nad Jizerou se vlévá do Jizery na ř.km 61,4. Povodí měří asi 180 km2. Délka sjízdného toku je 22 km.

Celý tok je v mělkém údolí, které se klikatí mezi občas zalesněnými stráněmi. Dno je většinou hlinité s drobnými kameny. Mohelka dosahuje šíře 4-6 m. Nemá překážky ani nebezpečná místa. Jezy jsou většinou nízké, ale některé lávky jsou obtížně průjezdné. Nejlépe bývá Mohelka sjízdná při jarním tání. Při střední vodě je možno jet od soutoku s Ještědkou.